В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 10 февраля 2018 г. № 62 «О федеральном государственном унитарном предприятии «Всероссийский научно-исследовательский институт «Центр», распоряжением Правительства Российской Федерации от 16 апреля 2018 г. № 679-р, распоряжением Росимущества от 9 июня 2018 г. № 406-р федеральное государственное унитарное предприятие «Центральный научно-исследовательский институт судостроительной промышленности «Центр» (г. Москва) реорганизовано в форме присоединения к нему федерального государственного унитарного предприятия «Научно-исследовательский институт стандартизации и унификации» (г. Москва) (далее – ФГУП «ЦНИИ «Центр» и ФГУП «НИИСУ»).
16 января 2019 года в единый государственный реестр юридических лиц внесены записи о прекращении деятельности ФГУП «НИИСУ» и завершении реорганизации ФГУП «ЦНИИ «Центр» в форме присоединения к нему ФГУП «НИИСУ». ФГУП «ЦНИИ «Центр» стал правопреемником по обязательствам ФГУП «НИИСУ» в соответствии с утвержденным в установленном порядке передаточным актом.
ФГУП «ЦНИИ «Центр» после его реорганизации переименован в федеральное государственное унитарное предприятие «Всероссийский научно-исследовательский институт «Центр» (далее – ФГУП «ВНИИ «Центр»).
17 января 2019 года вступил в силу Устав ФГУП «ВНИИ «Центр», утвержденный приказом Минпромторга России от 27 декабря 2018 г. № 5269.
Приказом ФГУП «ВНИИ «Центр» от 17 января 2019 г. № 1 созданы 2 филиала в г. Москва и 6 филиалов в городах Арзамас, Бийск, Курган, Миасс, Тула, Юрга. Приказом ФГУП «ВНИИ «Центр» от 17 января 2019 г. № 2 созданы 2 обособленных подразделения в городах Кинешма и Задонск.
Генеральным директором ФГУП «ВНИИ «Центр» является заслуженный экономист Российской Федерации, кандидат экономических наук, член Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации, член-корреспондент Российской академии ракетных и артиллерийских наук Сергей Иванович Довгучиц.